De Academische Werkplaats bestaat uit een stuurgroep die de bestuurlijke zaken behartigt en diverse werkgroepen waarin de inhoudelijke thema’s worden uitgewerkt.
De stuurgroep is paritair samengesteld uit vertegenwoordigers van GGD/gemeenten, respectievelijk Maastricht Universitair Medisch Centrum+ (UM/azM). De voorzitter is een vertegenwoordiger van de GGD Zuid Limburg, vice-voorzitter een vertegenwoordiger van de UM/azM. De stuurgroep is eindverantwoordelijk voor het inhoudelijke beleid en de bedrijfsvoering van de Academische Werkplaats. Het betreffen zowel verplichtingen die de partijen zijn aangegaan richting de subsidiegever, te weten ZonMw, als die in het verlengde hiervan gezamenlijk zijn vastgesteld. De hoofdthema’s zijn gezondheidsbevordering, gezondheidsbescherming, jeugdgezondheidszorg, infectieziektenbestrijding en preventieve ouderenzorg. De stuurgroep bepaalt de verbreding van onderwerpen die aan de Academische Werkplaats worden toegevoegd. De stuurgroep zal voorwaardenscheppend optreden, dat wil zeggen, dat zij zal sturen op organisatorische en financiële aangelegenheden.
De dagelijkse leiding van het programma en de coördinatie van de Academische Werkplaats is in handen van een programmaleider, Maria Jansen. Deze vormt de spil tussen de stuurgroep en alle betrokken uitvoerenden die georganiseerd zijn in diverse werkgroepen. De programmaleider zorgt voor afstemming en samenhang van de inhoudelijke projecten. De programmaleider stimuleert en faciliteren van de samenwerking tussen GGD Zuid Limburg en Maastricht UMC+. Tevens stimuleert de programmaleider de samenwerking met de diverse partijen in het brede veld van de publieke en curatieve gezondheidszorg.
De programmaleider onderhoudt een breed landelijk en lokaal netwerk van contacten met het onderzoeks-, praktijk- en beleidsveld en is tevens het gezicht naar buiten. Voor de uitwerking van de onderzoeksvoorstellen zijn werkgroepen geformeerd die de promovendus of onderzoeker begeleiden, faciliteren en ondersteunen.